Historie Třeboně je pozoruhodná. Původně to byla nedotčená krajina uprostřed bažin, luhů a hájů. Díky ideální poloze blízko Vitorazské obchodní stezky spojující české a rakouské území se v polovině 12. století v Třeboni začali usazovat obchodníci a řemeslníci. Z města se tak zanedlouho stalo hospodářské středisko oblasti. Tehdy město jako výsluhu od krále dostal jeden z nejznámějších členů rodu Vítkovců Vítek z Prčice. Právě díky němu získalo město svůj původní název Wittingau neboli Vítkův luh. Až ve 14. století byl poprvé použit název Třeboň (pocházející z „vytříbení lesa“).
Období rozkvětu
Největšího rozvoje se Třeboň dočkala za Rožmberků, ve své době jednoho z nejmocnějších rodů v zemi. Ti město koupili od svých příbuzných, pánů z Landštejna, v roce 1366. Rožmberkové ve městě o rok později založili augustiniánský klášter, jehož posláním byla mimo jiné umělecká a vědecká činnost. Dodnes se díky píli místních mnichů uchovaly například cenné spisy Jana Husa nebo středověká poezie. Na konci 14. století zde také působil Mistr třeboňského oltáře, malíř, který v kostele Sv. Jiljí nedaleko náměstí vytvořil na třech oltářních deskách výjimečné výjevy ze života Ježíše Krista, které jsou považovány za jedno z nejvýznamnějších děl evropské gotiky. Rožmberkové také pro Třeboň získali městská práva, důležitou výsadu dovážet sůl a zdokonalili systém opevnění, díky němuž nebyla Třeboň dobyta v dobách husitských válek.
Vznik rybníků
Nebýt Rožmberků, nemohli bychom dnes na procházkách třeboňskou krajinou obdivovat místní rybníky. Na přelomu 15. a 16. století byl Petrem IV. z Rožmberka do Třeboně povolán zakladatel rybničních soustav Štěpánek Netolický, kterému vděčíme za vybudování důmyslného vodohospodářského díla Zlatá stoka fungujícího dodnes. Na konci 16. století ho následoval Jakub Krčín z Jelčan, který stojí za vznikem známých rybníků Svět a Rožmberk.
Zlatá doba Petra Voka
Asi vůbec nejproslulejším panovníkem v dějinách města byl Petr Vok, který panství rodu Rožmberků vládnul mezi roky 1592 a 1611. Slavný milovník žen a bonviván se v roce 1602 rozhodl řešit velké rodové zadlužení prodejem Českého Krumlova císaři Rudolfu II., a proto se v témže roce se svými úředníky a dvorem trvale přesunul do Třeboně. Za jeho vlády byl v renesančním slohu velkolepě přestaven místní zámek a vznikla knihovna, obrazárna a lékárna.
Vzestupy a pády
Období vlády Rožmberků bylo pro Třeboň ve znamení opravdového rozmachu. Rožmberkům se podnikání dařilo zejména díky schopnému jihočeskému hejtmanovi a rybníkáři Jakubovi Krčínovi z Jelčan, který figuroval v čele jejich podnikání. Ten byl zároveň strůjcem výrazných hospodářských reforem, které ovlivnily jak Třeboň, tak její okolí. Po smrti Petra Voka v roce 1611 nadvládu nad městem na krátkou dobu převzal rod s labutí v erbu – Švamberkové. Kvůli podpoře stavovského povstání jim však byl záhy majetek zabaven a Třeboň se ocitla v područí Habsburků. Po šťastném období město čekalo několik událostí, které se na něm výrazně negativně podepsaly. Rozsáhlé požáry, morová epidemie a především třicetiletá válka (1618-1648) znamenaly pro město časy, jež pro ně byly opravdovou zatěžkávací zkouškou.
Schwarzenberská éra
Když se řekne Třeboňsko, mnoho lidí si vybaví obrázek typických samot, hájoven, velkorysých selských stavení a seníků. Velký podíl na jejich vzniku mají Schwarzenbergové, kteří převzali třeboňské panství po třicetileté válce. Právě jejich zásluhou došlo v Třeboni a jejím okolí k výraznému rozvoji rybářství, zemědělství a lesnictví. Vlády se tehdy ujal kníže Jan Adolf Schwarzenberg, který byl u nás i za hranicemi uznávaným politikem a diplomatem. Schwarzenbergové také přinesli do Třeboně baroko. Do architektury města se však promítlo výrazně později – až v letech 1723 a 1780, kdy v důsledku požárů docházelo k nejrůznějším přestavbám.
Počátky lázeňství
Třeboň nabrala nový dech v 19. století, kdy ji nová železnice propojila s Prahou a Vídní. Díky novému dopravnímu spojení město v tomto období svou návštěvou dokonce poctil i císař Franz Josef! Ráz městského života pak výrazně ovlivnilo zahájení lázeňského provozu v roce 1883, kdy zde založil lázně místní učitel Václav Hucek. Pojmenoval je podle své dcery Lázně Berta (dnes Bertiny lázně). K léčebným kůrám v Třeboni se od začátku využívaly místní přírodní zdroje, především rašelina a slatina.
Od 20. století po současnost
Obě světové války znamenaly pro Třeboň stejně jako pro zbytek republiky velké ztráty, jak hospodářské, tak sociální. Druhá polovina 20. století pak přinesla městu rozvoj textilního průmyslu a zemědělství v duchu tradice schwarzenberského hospodaření. Vznikly nové městské čtvrti a školy. V roce 1976 byla Třeboň vyhlášena městskou památkovou rezervací a o tři roky později byla zřízena Chráněná krajinná oblast Třeboňsko. Dnes je Třeboň převážně rekreační a lázeňskou destinací. Od roku 2002 Třeboň také usiluje o zápis na Seznam Světového kulturního a přírodního dědictví UNESCO.
